A transformação da matéria também ocorre através das ligações químicas, porque assim que os átomos fazem ligações entre si, novos produtos começam a surgir.

As ligações químicas podem ser espontâneas, ou seja, ocorrerem naturalmente, ou então através de intervenção.

Na Natureza, muitas ligações entre os átomos ocorrem a todo instante espontaneamente.  Um exemplo, é a formação da água da chuva.

Quando átomos de hidrogênio e oxigênio da atmosfera se unem, surgem moléculas de água, que se precipitam (caem) na forma de chuva.

A respiração é outro exemplo onde acontecem ligações entre átomos.  Quando os animais inalam o oxigênio do ar atmosférico, este se combina com átomos de carbono contidos no ser vivo que inspirou o ar e através desta ligação, forma-se o gás carbônico, que é expelido dos pulmões.

Outras ligações necessitam de interferência, do contrário, não surgem novos produtos.  Ligações assim ocorrem nas indústrias químicas, onde são criadas condições de temperatura e pressão para que os átomos se liguem.  Os produtos formados por ligações químicas que sofreram intervenção, estão ao nosso contato direto: plásticos, artigos têxteis, cosméticos, medicamentos, entre outros.